FAKÜLTELER

• Denizcilik Fakültesi
• Diş Hekimliği Fakültesi
• Eczacılık Fakültesi
• Eğitim Fakültesi
• Fen - Edebiyat Fakültesi
• Güzel Sanatlar Fakültesi
• Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi (Tarsus Üniversitesi)
• Hemşirelik Fakültesi
• İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
• İletişim Fakültesi
• İslami İlimler Fakültesi
• Mimarlık Fakültesi
• Mühendislik Fakültesi
• Su Ürünleri Fakültesi
• Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi
• Tarsus Teknoloji Fakültesi (Tarsus Üniversitesi)
• Tıp Fakültesi
• Turizm Fakültesi

YÜKSEKOKULLAR

• Anamur Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu
• Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
• Devlet Konservatuvarı
• Erdemli Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu
• İçel Sağlık Yüksekokulu
• Silifke Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu
• Takı Teknolojisi ve Tasarımı Yüksekokulu
• Tarsus Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu (Tarsus Üniversitesi)
• Yabancı Diller Yüksekokulu

MESLEK YÜKSEKOKULLARI

• Anamur Meslek Yüksekokulu
• Aydıncık Meslek Yüksekokulu
• Denizcilik Meslek Yüksekokulu
• Erdemli Meslek Yüksekokulu
• Gülnar Mustafa Baysan Meslek Yüksekokulu
• Mersin Meslek Yüksekokulu
• Mut Meslek Yüksekokulu
• Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
• Silifke Meslek Yüksekokulu
• Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
• Tarsus Meslek Yüksekokulu (Tarsus Üniversitesi)
• Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu

ENSTİTÜLER

• Eğitim Bilimleri Enstitüsü
• Fen Bilimleri Enstitüsü
• Güzel Sanatlar Enstitüsü
• Sağlık Bilimleri Enstitüsü
• Sosyal Bilimler Enstitüsü

REKTÖRLÜĞE BAĞLI BÖLÜMLER

• Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Bölümü
• Beden Eğitimi ve Spor Bölümü
• Enformatik Bölümü
• Türk Dili Bölümü

MERKEZLER

• Akdeniz Kent Araştırmaları Merkezi
• Atatürk İlkeleri ve Inkılap Tarihi Araştırma ve Uygulama Merkezi
• Bilgi İşlem Araştırma ve Uygulama Merkezi
• Bölgesel İzleme Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Çocuk Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Çocuk Koruma Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Deniz Kaplumbağaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Dış Ticaret ve Lojistik Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Diş Hekimliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Egzersiz ve Spor Bilimleri Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Gıda Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Göç Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Görsel İşitsel Yapımlar Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Hastane
• İleri Teknoloji Eğitim Araştırma ve Uygulama Merkezi
• İlk Yardım Araştırma ve Uygulama Merkezi
• İş Sağlığı ve Güvenliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Kadın Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Kalibrasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Kariyer Merkezi
• Kilikia Arkeolojisi Araştırma Merkezi
• Nevit Kodallı Oda Müziği Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Öğrenci Gelişim Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Ölçme ve Değerlendirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Özel Yetenekliler Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Restorasyon ve Koruma Merkezi
• Sağlık Araştırma ve Uygulama Merkezi
• Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Turizm Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
• Uzaktan Eğitim Merkezi
• Yörük Kültürü Uygulama ve Araştırma Merkezi

DAİRE BAŞKANLIKLARI

• Bilgi İşlem Daire Başkanlığı
• İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı
• Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı
• Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
• Personel Daire Başkanlığı
• Sağlık Kültür ve Spor Daire Başkanlığı
• Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı
• Yapı İşleri ve Teknik Daire Başkanlığı

DİĞER BİRİMLER

• Bilgi Edinme Birimi
• Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi
• Engelli Öğrenci Birimi
• Hukuk Müşavirliği
• Sivil Savunma Uzmanlığı

MÜDÜRLÜKLER

• Basın ve Halkla İlişkiler Şube Müdürlüğü
• Döner Sermaye İşletme Müdürlüğü
• Özel Kalem Müdürlüğü
• Yazı İşleri Şube Müdürlüğü

KURULLAR

• Fen ve Mühendislik Bilimleri Etik Kurulu
• Hayvan Deneyleri Yerel Etik Kurulu
• Klinik Araştırmalar Etik Kurulu
• Sağlık Bilimleri Etik Kurulu
• Sosyal ve Beşeri Bilimler Etik Kurulu
• Tıp Fakültesi Yayın ve Dökümantasyon Kurulu

KOORDİNATÖRLÜKLER

• Dış İlişkiler Koordinatörlüğü
• Kalite Yönetimi Koordinatörlüğü
• Mersin İl Sınav Koordinatörlüğü
• Öyp Kurum Koordinasyon Birimi
• Projeler ve Araştırmalar Koordinatörlüğü
• Teknoloji Transfer Ofisi Koordinatörlüğü

KOMİSYONLAR

• Arabuluculuk Komisyonu
• Bilimsel Araştırma Projeleri Komisyonu
• Bologna Eşgüdüm Komisyonu
• Eğitim Komisyonu
• Fen Bilimleri Komisyonu
• Güvenlik Soruşturması ve Arşiv Araştırması Değerlendirme Komisyonu
• Güzel Sanatlar Komisyonu
• Kalite Komisyonu
• Pedagojik Formasyon Esasları Belirleme Komisyonu
• Sağlık Bilimleri Komisyonu
• Sosyal Bilimler Komisyonu
• Türkoloji Kürsüleri veya Türk Kültür Merkezleri Başvuru İnceleme Komisyonu
• Yabancı Uyruklu Personel Çalıştırılmasına Yönelik Değerlendirme Komisyonu
• Yayın Komisyonu
• Yök Ortak Veri Tabanı ( Yöksis ) Komisyonu
• Yurtdışı Görevlendirmelerde Uyulacak İlkeleri Belirleme Komisyonu
• Yurtdışı Öğrenci Kabul ve Değerlendirme Komisyonu